故事背景设定在欧洲18世纪，当时的意大利小镇上，日本血统的孤儿帕加索斯和热爱绘画的亚伦是好朋友。一天，亚伦在大教堂神父（睡神许普诺斯）的带领下，前往一个被称为“人间极乐净土”的地方寻找“真理之红”。在那里，亚伦遇到了名为“潘多拉”的神秘少女，从此亚伦的身体开始发生变化。
另一方面，在天秤座黄金圣斗士童虎的介绍下，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域里，帕加索斯结识了青梅竹马、亚伦的妹妹莎莎。几年前被收养的莎莎，原来是女神雅典娜的转世。
两年后，帕加索斯终于成为了天马座的圣斗士。另一方面，受到潘多拉指引的艾伦，唤醒了体内的哈迪斯之魂，对圣所发起了全面进攻……
